Hemofili tedavisinin en önemli sorunlarından biri önerilen tedavi protokoluna uyumsuzluktur. Hasta reçete edilen ilacı eczaneden almakta ancak önerildiği şekilde kullanmamaktadır. Gelişmiş ülkelerde bile hastaların %50-60 ı tedaviye uyumsuzluk göstermekte, ergenlik çağında bu oran %80 i aşmaktadır. Ülkemizde tedaviye uyumsuzluk oranın daha yüksek olduğu tahmin edilmektedir. Uyumsuzluğun başlıca sebepleri, tedaviyi ihmal etmenin vereceği zararın bilincinde olmaması, iğnenin verdiği acı, faktör yapmanın zahmeti ve sık tekrarlama zorunluluğudur. Çocukluk çağından beri tedavisinin sorumluluğunu kendisi üstlenen, injeksiyonlarını kendisi uygulayan hastalarda uyumsuzluk sorunu daha azdır. Baskı ve tehdit yerine sabırla tedavinin öneminin öğretilmesi, psikolojik destek verilmesi, tedavinin kişiselleştirilmesi ve gerekirse tedavi hekimi veya hemşirenin değiştirilmesi gibi çabalar etkili olabilmektedir.